Государственный надзор в области охраны и использования особо охраняемых природных территорий является основной задачей ФГБУ «Национальный парк «Паанаярви». Природоохранные рейды осуществляются на территории парка на постоянной основе. В выходные и праздничные дни организуется усиление охранных мероприятий.