Территория Паанаярви имеет давнюю, богатую событиями историю.
Первые люди на берегах озера Паанаярви появились в 5-6 тысячелетиях до нашей эры. Привлекали их сюда хорошо прогреваемые склоны берегов, плодородные почвы, рыбалка.
Древнейшее население занималось собирательством, охотой и рыболовством. Об этом свидетельствуют каменные инструменты и глиняная посуда, обнаруженные на берегах озера Паанаярви. Каменное долото, найденное крестьянами в конце XIX века, хранится в Национальном музее в Хельсинки.
В средневековье район озера Паанаярви заселяли саамские племена. Не случайно и слово «паанаярви» имеет саамское происхождение, в переводе означающее «путь, лыжня, котёл». Если попытаться объяснить каждый из вариантов перевода, то становится ясно, что все они являются очень точным отражением особенностей озера.
В XII — XIV веках окрестность озера Паанаярви входила в состав Великого Княжества Новгородского. После разгрома Новгорода Иваном III она стала практически бесхозной и в 1595 году вошла в состав Королевства Швеции.
Решающим в деле освоения территории озера Паанаярви был 1673 год, когда королевским постановлением Лапландия была открыта для заселения, и переселенцам было предоставлено пятнадцатилетнее освобождение от всех налогов.
По окончании полосы русско-шведских войн, согласно мирному договору 1809 года, территория вокруг озера Паанаярви вместе со всей остальной Финляндией стало частью Российской Империи. К этому времени в деревне проживало не более 60 человек.
В 1842 и в 1849 годах производились уточнения границы между Россией и Автономным Великим княжеством Финляндским, в результате чего озеро Паанаярви целиком оказалось на территории Финляндии.
Судьба деревни складывалась по-разному. Так, например, в середине XIX века бо́льшая часть жителей в поисках лучшей доли ушла в другие места. А к концу столетия положение дел изменилось, численность населения деревни Паанаярви вновь стала увеличиваться.
К 30-м годам ХХ века деревня насчитывала 24 поместья, 10 казённых арендуемых земельных участков и 20 крестьянских дворов, которые размещались на сопках вдоль озера. Этой своей разбросанностью деревня Паанаярви и отличалась от других поселений.
Жители деревни были довольно образованными: они одними из первых в округе подали прошение об открытии народной школы. Паанаярвская школа, открытая в 1905 году, была вторым по счету в округе очагом просвещения (первая школа открылась на Таваярви в 1894 году).
Главным источником существования жителей было сельское хозяйство: земледелие и животноводство.Занимались паанаярвцы и побочными промыслами, к которым можно отнести лесоразработки, охоту, рыбалку.
В конце XIX века район Паанаярви становится местом, известным всей Финляндии. Одним из первооткрывателей Паанаярви для жителей Финляндии стал Инто Конрад Инха (12.11.1865г.– 03.04.1930г.) — финский фотограф, писатель, переводчик и журналист. Фотограф посетил хутора Паанаярви, спустился по Оланге до водопада Киваккакоски, поднялся на гору Нуорунен. Фотографии, сделанные им в этих местах, являются ценнейшим иллюстративным материалом вековой давности.
Восторженные отзывы о Паанаярви вызвали интерес у финнов. Финское туристическое общество в 1890 году издало буклет, в котором район Паанаярви рекламировался как одна из самых важных достопримечательностей тогдашней Финляндии. Число желающих посмотреть красоты этих мест увеличилось, ежегодно Паанаярви посещало не менее тысячи туристов. Первый официальный туристический маршрут «Медвежий круг» на севере Финляндии проходил от Куусамо до Паанаярви.
Местное население оказалось предприимчивым: почти на каждом хуторе был построен гостевой дом. Начал развиваться сельский туризм.
30-е годы ХХ века были для паанаярвцев очень удачными. Деревня стала одной из самых богатых в общине Куусамо: были получены высокие урожаи зерновых, развивался туризм. Всё обещало дальнейшее процветание, но в ноябре 1939 года началась Советско-финляндская война.
После окончания Второй мировой войны район Паанаярви перешел к Советскому Союзу. В течение десятилетий район находился в запустении, поскольку закрытую приграничную зону не разрешалось посещать никому, кроме научных работников и пограничников.
Национальный парк «Паанаярви» был организован 20 мая 1992 года, но идея создания охраняемой территории на Паанаярви родилась ещё в 1897 году
Профессор географии университета г. Хельсинки Й. Э. Росберг, а затем и специальные экспедиции, провели картирование территории будущего заповедника.
Известность данной территории принёс проект создания Паанаярвинской гидроаккумулирующей станции Ленинградского института планирования энергетики. Первая информация по станции появилась в 1986 году, а уже в следующем году проект получил широкую огласку. По планам гидростроителей строительство самой мощной в мире ГАЭС особого урона природе Паанаярви не должно было нанести. Но именно этот вопрос и беспокоил защитников природы. Учёные Карельского филиала Академии наук СССР, экспедиции которых проходили на Паанаярви в 1988 году, подтвердили эти опасения.
В то же время на горе Нуорунен — самой высокой в Карелии — предполагалось строительство горнолыжного центра.
Защитники и исследователи природы по обе стороны границы вели горячие дискуссии о недопустимости этих проектов. В многочисленных публикациях описывались условия и особенности района Паанаярви, и по обе стороны границы были подготовлены предложения по охране его природы.
На финской стороне своё отношение к стройке выразил писатель Рейно Ринне, предложив идею создания «водоёма дружбы». Именно в ходе этой борьбы и поступило предложение о создании национального парка, которое получило своё воплощение через четыре года.
Сегодня национальный парк «Паанаярви» – один из нетронутых уголков дикой природы, здесь особая атмосфера и энергетика Севера. В то же время – это один крупных центров экотуризма в регионе, место, куда хочется возвращаться снова и снова.