Главная цель создания национального парка «Паанаярви» — сохранение уникальных природных комплексов озера Паанаярви и реки Оланга и их использование в природоохранных, рекреационных, просветительских и научных целях.
Более половины территории национального парка «Паанаярви» покрыта нетронутыми рубками северобореальными лесами. Это полоса хвойных лесов, которые окружают земной шар в высоких северных широтах.
Такие леса составляют около трети всех лесов Земли, примерно 70% их находится в России и называются тайгой. Леса территории парка старые, их средний возраст более 180 лет. Северотаежные леса занимают 60% территории, преобладающая порода — ель. Показателем их девственности является наличие большого количества лишайников.
У подножия горы Нуорунен ельники растут уже на протяжении шести тысячелетий и не меняются на другие виды сообществ.
На склоне горы Кивакка растут в основном зелёномошные еловые леса. Ель представлена северной узкокронной разновидностью, по форме похожей на свечу. Она весьма требовательна к плодородию почвы, теневынослива, засухоустойчива, морозостойка.
Под еловым пологом произрастают хвощ полевой, зеленомошные мхи, цицербита альпийская. На влажных участках, образуя целые поляны, растёт папоротник страусник обыкновенный.
Самый крупный массив сосновых лесов имеется на водно-ледниковой системе озеро Паанаярви — река Оланга.
Сосны по берегам озера Паанаярви и долины реки Оланга являются самыми старыми деревьями. Их возраст более 400 лет, а в отдельных случаях может достигать 600 лет.
Старовозрастные девственные леса украшены высокими и стройными сухостойными соснами (сухарник, кelo). Эти деревья имеют гладкий серебристый ствол без коры и удивительным образом закрученную древесину. В экстремальных климатических условиях некоторые деревья в течение многих лет медленно засыхают на корню. Отсутствие внутри дерева сокодвижения и живых процессов обеспечивает долговечность древесины, близкую к дубу.
На горе Кивакка привлекают внимание деревья с флагообразной кроной. Такие деревья имеют обычно уродливые наклонные стволы, которые сильнее развиваются с подветренной стороны, в то время как корневая система разрастается с наветренной, что способствует прочному закреплению дерева в субстрате и препятствует ветровалу.
Прибрежные леса реки Оланга имеют свои особенности. Поскольку в начале ХХ века леса по берегу реки Оланга были вырублены, то со временем стали возобновляться естественным путём. На месте сосняков появляются лиственные породы, а под ними поднимаются молодые ели и сосны.
Эти богатые прибрежные земли густо заселены различными травами, мхами и лишайниками.
На склонах гор устанавливается четкая вертикальная зональность лесов. Сосновые лишайниковые и зеленомошные еловые леса поднимаются по склону до высоты 350-450 м над уровнем моря. Выше они сменяются сначала елово-березовьм редколесьем, затем — березовым криволесьем, а еще выше — горной тундрой.
В национальном парке отчетливо выраженные зоны горной тундры имеются на вершинах гор Нуорунен (577 м), Мянтютунтури (550 м) и Кивакка (499 м). Лес на их вершинах отсутствует.
В тундровой зоне можно встретить древесные растения в необычном виде: осину как кустарник, стелющиеся на мху ели и сосны, множество небольших деревьев с сухими вершинами и т. д.
Горные тундры характеризуются своеобразной арктической растительностью со специфическим видовым составом, наличием таких видов высших сосудистых растений, как луазелеурия лежачая, филлодоце голубая, ситник тройчатый, плаун альпийский, арктоус альпийский и др.