В парке нет отдельно выделенной структурной единицы по ведению научной деятельности. Научный сотрудник внесён в штат отдела экологического просвещения и научной работы.

Научная работа ведётся по договорам с различными научно-исследовательскими институтами России и Финляндии. Заявка на проведение научно-исследовательских работ подаётся на рассмотрение в НТС парка.

Вся научно-исследовательская деятельность направлена на разработку и внедрение научных методов сохранения биологического разнообразия, природных и историко-культурных комплексов и объектов в условиях рекреационного использования; оценку и прогноз экологической обстановки; создание основы для эколого-просветительской деятельности, развития регулируемого отдыха и туризма.

Парк проводит на своей территории научные конференции, совещания и экспедиции.

Научные учреждения, проводящие исследования на территории парка

• Карельский научный центр Российской академии наук
• Московский Государственный Университет им.Ломоносова
• Всероссийский научно-исследовательский геологический институт им.А.П.Карпинского
• Институт экологических проблем Севера УрО РАН
• Лесная служба Финляндии
• НИИ охотничьего и рыбного хозяйства Финляндии
• Университет Оулу (Финляндия)
• Северный научно-исследовательский институт рыбного хозяйства
• Санкт-Петербургская лесотехническая академия
• Петрозаводский государственный университет
• Институт геологии КНЦ РАН
• Институт леса КНЦ РАН
• Институт биологии КНЦ РАН
• ГУ Карельский государственный краеведческий музей

Темы научных исследований, проводимых на территории парка

• Геохимические мониторинговые исследования расслоенного интрузива Кивакка
• Геологическая история докембрия Карелии
• Биологическая активность почв малонарушенных ельников
• Петрология и геохимия расслоенного интрузива Кивакка
• Исследование популяций пчелиных в условиях малонарушенных таёжных ландшафтов
• Изучение популяционной экологии и распространения пресноводных молюсков на территории НП «Паанаярви»
• Отбор проб воздуха, воды и почв для определения содержаний органического вещества, микроэлементов и изотопов
• Оценка состояния популяций хариуса и кумжи в реке Оланга и её притоках
• Исследования популяции кумжи и хариуса в пограничных водных системах
• Изучение, сохранение и использование историко-культурного и природного наследия территорий НП «Паанаярви»
• Выявление особенностей сейдов на территории НП «Паанаярви»

Ихтиологические работы

В октябре 2020 года на территории парка были проведены полевые работы по наблюдениям за новой колонией краснокнижного жителя Паанаярви – Жемчужницы европейской. В 2017 году был проведён эксперимент по пересадке нескольких десятков этого удивительного моллюска на новое место жительства, в реку Силтайоки. Моллюску новое место понравилось, и ежегодные наблюдения позволяют надеяться на разрастание колонии в этой реке.

Списки млекопитающих и птиц

Список млекопитающих НП Паанаярви, уточненный

Список птиц НП Паанаярви, уточнен по Е.А. Коблик и др., 2014 на 11.04.2020 г.