В соответствии с ФЗ «Об особо охраняемых природных территориях», в границах национального парка устанавливается дифференцированный режим особой охраны с учетом их природных, историко-культурных и иных особенностей и утверждённым функциональным зонированием территории.
Охрана природных комплексов и объектов на территории НП «Паанаярви» осуществляется службой охраны, состоящей из штатных государственных инспекторов (15 человек).
Непосредственное руководство службой охраны возложено на заместителя директора по охране.
Функции службы охраны национального парка включают в себя охрану лесов (в том числе от пожаров), охрану животного мира, охрану рыбных ресурсов, надзор за соблюдением установленных правил посещения территории, охрану памятников истории и культуры.
Охранная деятельность ведется парком самостоятельно, а также с привлечением иных природоохранных структур, органов внутренних дел и пограничных служб.
Охрана территории осуществляется в режиме круглосуточного дежурства группами инспекторов по
Из государственных инспекторов парка создано специализированное мобильное подразделение по охране — оперативная группа (3 человека). Оперативная группа оснащена специализированной техникой: автомобили УАЗ, моторные лодки с лодочными моторами, снегоходы, бинокли, фотоаппараты, лыжи, радиотелефон, рации.
Все работники парка, находящиеся на природной территории, оснащены переносными радиостанциями для постоянной связи с офисом.
Государственные инспектора фиксируют и ведут дела по нарушениям режима парка.
Наиболее распространенным видами нарушений режима являются: рыбалка в запрещённых местах и нахождение в заповедной зоне без разрешения.