Особое место в деятельности парка занимает международное сотрудничество.

«Паанаярви — единственный российский парк, входящий в международную систему «PAN parks foundation».

Первый Сертификат соответствия критериям и стандартам PAN Рarks получен НП «Паанаярви» в Октябре 2005 года. В 2012 году «Паанаярви» подтвердил соответствие критериям в третий раз и совместно с финским Национальным парком «Оуланка» получил сертификат соответствия международным стандартам от Европейской организации PAN Parks.

Два парка сертифицировались европейской комиссией как одна особо охраняемая природная территория, предоставляющая качественные туристические услуги. 2/3 территории НП «Паанаярви» представляют не нарушенные природные комплексы, в отличие от ООПТ Европы. НП «Оуланка» имеет большой опыт работы с местными бизнес-партнёрами.

Парками совместно разработана Стратегия устойчивого развития на ближайшие 5 лет и программа совместных работ в области охраны природных территорий, экологического просвещения и туризма.

Трансграничное сотрудничество охраняемых природных территорий вносит значительный вклад в сохранение европейского природного и культурного наследия. Такое сотрудничество также способствует укреплению мира и взаимопонимания между народами. В 2005 году Федерация «Европарки» признала лучшей в Европе твин-территорией по трансграничному сотрудничеству российский парк «Паанаярви» и финский парк «Оуланка».

«Паанаярви» на протяжении многих лет является стартовой площадкой для реализации различных международных проектов. В январе 2013 года совместно с Лесной службой Финляндии подписан Контракт о партнёрстве в рамках Программы «Karelia ENPI CBC». Программа предполагает реализацию на приграничных территориях России и Финляндии, инвестиционного проекта «Развитие Зелёного пояса Фенноскандии через устойчивый приграничный природный и культурный туризм». Работы по Проекту будут проходить до 31.12.2014 года.